Ένα άλλο πολυθρύλητο θαύμα του Αγίου Μεγαλομάρτυρος Μηνά, έγινε κατά τις δύσκολες ημέρες του Β΄ Παγκοσμίου πολέμου (1939–1945). Μετά την κατάκτηση της Ελλάδος από τις δυνάμεις του Άξονος, λίγος Ελληνικός Στρατός πέρασε στην Αίγυπτο –πατρίδα του Αγίου Μηνά– και, από εκεί, συνέχισε να μάχεται για την απελευθέρωση της σκλαβωμένης Ελλάδος.
Τον Οκτώβριο του 1942, σε αυτόν τον Πόλεμο, οι υπό την αρχηγία του στρατάρχη του Γ΄ Ράιχ Έρβιν Ρόμμελ (1891–1944) δυνάμεις του Άξονα στην Αφρική, είχαν καταφέρει να προελάσουν τόσο πολύ, ώστε να είναι πια ορατός ο κίνδυνος να φθάσουν και μέχρι την Διώρυγα του Σουέζ. Στην περιοχή του «Ελ Αλαμέϊν» (=αραβική παραφθορά του ονόματος του Αγίου Μηνά που κατ’ ακρίβειαν μεταφράζεται ως· «ο τόπος του Μηνά»), όπου βρισκόταν ερείπια Ναού του Αγίου Μηνά και, κατά παράδοση, και ο τάφος του, οι αντίπαλες δυνάμεις προετοιμάζονταν για την αποφασιστική σύγκρουση, η οποία, θα έκρινε το μέλλον· το, εάν και κατά πόσο, οι Σύμμαχοι θα κατάφερναν να παραμείνουν στην Αφρική.
[sc name=”palaiomenes-eikones-se-xylo” ][/sc]
Μεταξύ των Συμμαχικών Στρατευμάτων, βρισκόταν και Ελληνική Στρατιωτική Δύναμη, η οποία, πήρε τότε ενεργό μέρος στη μάχη. Ένα από τα αγωνιώδη βράδια εκείνα της παραμονής της διεξαγωγής της μάχης, πολλοί στρατιώτες είδαν τον Άγιο Μηνά να βγαίνει μέσα από τα ερείπια του Ναού του, οδηγώντας ένα καραβάνι με καμήλες, όπως πολύ ωραία και παραστατικά απεικονίζεται σε μία από τις αγιογραφίες του ναού του, και να εισέρχεται μέσα στο στρατόπεδο των εχθρικών δυνάμεων. Ο μεγάλος αυτός Στρατιωτικός Μάρτυς, παρουσιάστηκε αιφνίδια σαν ένας άγνωστος καμηλιέρης που περιερχόταν όλο το Συμμαχικό Στρατόπεδο και εμψύχωνε τους στρατιώτες. Εδραιώθηκε έτσι, από τους Έλληνες στρατιώτες της Μ. Ανατολής αδιάσειστη η λαϊκή πίστη και ισχυρή η ιερή πεποίθηση ότι ο Άγιος Μηνάς ήλθε υπέρμαχος και σωτήρας.
Η παράδοξη και δυναμική εμφάνιση αυτή του Αγίου, σκόρπισε σύγχυση και ταραχή στο στρατόπεδο του Άξονα, κατατρομάζοντας τους Γερμανούς και υπονομεύοντας καίρια το ηθικό τους, γεγονός που συνέβαλε καθοριστικά στη νίκη των Συμμαχικών δυνάμεων. Έτσι, η πασίγνωστη σε όλους «Μάχη του Ελ Αλαμέϊν» (23/10/1942–5/11/1942), θεωρείται πράγματι σπουδαία και σημαντική, για το λόγο ότι κατάφεραν οι Συμμαχικές Δυνάμεις να αποκρούσουν και να ανακόψουν την ιμπεριαλιστική πορεία του Ρόμμελ. Και αυτή η νικηφόρα έκβασή της, βασίζεται εξ ολοκλήρου στη σωστική παρέμβαση του Αγίου Μεγαλομάρτυρος Μηνά, με την αφοπλιστική και σαρωτική δύναμη της παράδοξης εμφάνισής του!
Σε ανταπόδοση της μεγάλης και αναπάντεχης ευεργεσίας αυτής του Αγίου, παραχωρήθηκε στο Πατριαρχείο Αλεξανδρείας ο τόπος εκείνος και ξανακτίσθηκε ο Ναός καθώς και Μοναστήρι του Αγίου Μηνά. Η εορτή του Αγίου Μηνά τελέστηκε με μεγαλοπρέπεια στον Ναό του Αγίου Σάββα χοροστατούντος του τότε Παναγιωτάτου Πάπα και Πατριάρχου Αλεξανδρείας Χριστοφόρου Β΄, ο οποίος, και προέστη στην επινίκια και ευχαριστήρια Δοξολογία την ίδια μέρα (11 Νοεμβρίου).
Την επιθυμία να επανιδρυθεί το παλαιό –πρώιμο βυζαντινό– κέντρο τιμής του Αγίου Μηνά στην Λιβυκή έρημο, κοντά στην Μαρεώτιδα λίμνη, πραγματοποίησε ο Κόπτης Πατριάρχης Κύριλλος ο ΣΤ΄, όπου στις 27 Νοεμβρίου του 1959, θεμελίωσε τη νέα εκκλησία, κοντά στην αρχαιολογική περιοχή της ιστορικής πόλης του. Έτσι, αναβίωσε η τιμή του Αγίου και, σήμερα, έχει αναπτυχθεί εκεί τοπικά μία μοναστική κοινότητα.