Μετά το 1993 άρχισε να παρουσιάζει αιμορραγίες για τις οποίες αρνούνταν να νοσηλευτεί λέγοντας χαρακτηριστικά ότι «όλα θα βολευτούν με το χώμα». Τον Νοέμβριο του ίδιου έτους ο Παΐσιος βγαίνει για τελευταία φορά από το Όρος και πηγαίνει στη Σουρωτή, στο Ησυχαστήριο του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου για τη γιορτή του Αγίου Αρσενίου (10 Νοεμβρίου). Εκεί μένει για λίγες μέρες και ενώ ετοιμάζεται να φύγει ασθενεί και μεταφέρεται στο Θεαγένειο, όπου του γίνεται διάγνωση για όγκο στο παχύ έντερο. Στις 4 Φεβρουαρίου του 1994 ο γέροντας χειρουργείται.
ΓΙΑ ΚΡΑΤΗΣΕΙΣ ΘΕΣΕΩΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΡΟΣΚΥΝΗΜΑΤΙΚΗ ΜΑΣ ΕΚΔΡΟΜΗ ΣΤΙΣ 23-24 ΙΟΥΛΙΟΥ ΚΑΛΕΣΤΕ ΣΤΟ 6983708014. ΚΡΑΤΗΣΕΙΣ ΘΕΣΕΩΝ ΜΕΧΡΙ ΤΙΣ 15 ΙΟΥΛΙΟΥ.
ΓΙΑ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ ΣΧΕΤΙΚΑ ΜΕ ΤΟ ΔΙΗΜΕΡΟ ΠΡΟΣΚΥΝΗΜΑ ΜΑΣ ΠΑΤΗΣΤΕ ΕΔΩ
Παρότι η ασθένεια δεν σταμάτησε (παρουσίασε μεταστάσεις στους πνεύμονες και στο ήπαρ), ο γέροντας ανακοίνωσε την επιθυμία του να επιστρέψει στο Άγιο Όρος στις 13 Ιουνίου. Ο υψηλός πυρετός όμως και η δύσπνοια τον ανάγκασαν να παραμείνει.
Στο τέλος του Ιουνίου οι γιατροί του ανακοινώνουν ότι τα περιθώρια ζωής του ήταν δύο με τρεις εβδομάδες το πολύ. Τη Δευτέρα 11 Ιουλίου (γιορτή της Αγίας Ευφημίας) ο γέροντας κοινώνησε για τελευταία φορά γονατιστός μπροστά στο κρεβάτι του. Τις τελευταίες μέρες της ζωής του αποφάσισε να μην παίρνει φάρμακα ή παυσίπονα, παρά τους φρικτούς πόνους της ασθένειάς του.
Τελικά την Τρίτη 12 Ιουλίου 1994 (με το νέο ημερολόγιο) και ώρα 11:30 το βράδυ την ησυχία τάραξε μια δυνατή βροντή! Κατόπιν με συνεχείς αστραπές φωτιζόταν όλο το Άγιον Όρος.
Το απόγευμα εγινε γνωστό ότι ο γέροντας είχε περάσει πιά στην αιωνιότητα.
.
Ενταφιάστηκε στο Ιερό Ησυχαστήριο του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στη Σουρωτή Θεσσαλονίκης. Έκτοτε, κάθε χρόνο στις 11 προς 12 Ιουλίου, στην επέτειο κοιμήσεως του Γέροντος, τελείται αγρυπνία στο Ιερό Ησυχαστήριο, με συμμετοχή χιλιάδων πιστών.